1773. november 13-án született Debrecenben, édesapját, a sebész-borbély mestert korán elvesztette, az árván maradt család elszegényedett.

A Debreceni Református Kollégiumban kezdte el tanulmányait, már ekkor írt verseket, nyelveket tanult, jártas volt a kor irodalmában. Jó eszű diák volt, az alsóbb  osztályok tanításával is megbízták, de rendszeres kicsapongásai miatt többször is összetűzésbe került az iskola vezetőségével. 

1795-ben kirúgták a kollégiumból, magaviseleti okokra hivatkozva, de közrejátszhattak politikai okok is. Ebben  az évben robbant ki a Martinovics-ügy, és ekkor fogták el Csokonai barátját, Kazinczyt is. 

1795-től egy évig a Sárospataki Kollégiumban tanult jogot. 

1796-ban Pozsonyba utazott, ahol az országgyűlés ideje alatt kiadta a Diétai Magyar Múzsa lapot. 

1797-ben ismerkedett meg Vajda Juliannával, aki a Lilla-versek múzsája. A nagy szerelem végül beteljesületlen maradt, Julianna 1798-ban férjhez ment egy kereskedőhöz.

1799 júniusától a csurgói gimnázium segédtanára lett. A csurgói diákokkal Csokonai iskolai színpadot szervezett, és előadták Az özvegy Karnyóné és A cultura című darabjait. Egyévnyi csurgói tartózkodása után ismét visszatért Debrecenbe özvegy édesanyjához.

1805. január 28-án hunyt el, egy hosszas tüdőgyulladásos betegség következtében. Csokonai költői munkássága  mindössze bő másfél év volt, de ez idő alatt a kor lírai nyelvének szinte minden irányát kipróbálta, egyszerre volt poeta natus és poeta doctus, aki a diákköltészettől a vígeposzig számos költői formában jelentős műveket alkotott.