1863. augusztus 3-án született Agárdon, Fejér megyében, Ziegler Géza néven. A közeli Gárdony településen anyakönyvezték, később így jött a Gárdonyi név, amelyet először csak művésznévként használt, majd hivatalosan is megváltoztatta erre a nevét. Édesapja gépészmester volt, aki az ország számos pontján vállalt munkát, Gárdonyi fiatal éveit az állandó vándorlás jellemezte.

1878-ban az egri líceum növendéke lett, ekkor már több diáklapban is publikált. A harmadév elvégzése után segédtanítói állást vállalt. 

1891-ben Budapestre költözött, ahol a Magyar Hírlap munkatársaként dolgozott, egyre jobban részese lett a budapesti kulturális életnek. 

1892-ben különvált feleségétől, aki közös gyermekeikkel Győrbe költözött.

1897-ben a budapesti művész világtól megcsömörlötten újra felfedezte Eger szépségét. Az egri várra néző Hóhér-dombon megvásárolt egy tornácos parasztházat és idős édesanyjával és maga mellé vett két idősebb fiával Egerbe költözött. Kortársai „egri remetének”, vagy regénye után „láthatatlan embernek” nevezték.

Az Egerben töltött 25 év alakította őt egyéni hangú íróvá. Vidéki magányában talált rá azokra a témákra, amelyekben újat, mást tudott alkotni, kialakíthatta egyéni hangvételét. Ezek az évek meghozták a sikereket is. Sorra jelentek meg novelláskötetei (Az én falum, Novellák és tárcák), regényei (Kékszemű Dávidkáné, Egri csillagok, Láthatatlan ember, Isten rabjai, Az a Hatalmas Harmadik), színművei (A bor, Fehér Anna). Végre elérhette nagy álmát, az anyagi biztonságot és függetlenséget.

1922. október 30-án, ötvenkilenc éves korában halt meg Egerben.